Działalność podstawowa Szpitala prowadzona jest w ramach następujących zakładów leczniczych:

1. Szpital Psychiatryczny w Węgorzewie,
2. Opieka Pozaszpitalna SPSPZOZ w Węgorzewie,
3. Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna SPSPZOZ w Węgorzewie.

W ramach zakładów leczniczych Szpitala działają następujące jednostki organizacyjne:

• w ramach zakładu leczniczego - Szpital Psychiatryczny w Węgorzewie:

1. jednostka organizacyjna: Szpital,

2. jednostka organizacyjna: Wojewódzki Ośrodek Terapii Uzależnienia od Alkoholu i Współuzależnienia z siedzibą w Giżycku.

• w ramach zakładu leczniczego - Opieka Pozaszpitalna SPSPZOZ w Węgorzewie – jednostka organizacyjna Zakład Opieki Pozaszpitalnej z siedzibą w Rudziszkach.
• w ramach zakładu leczniczego Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna SPSPZOZ w Węgorzewie – jednostka organizacyjna Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna.

W ramach jednostki organizacyjnej Szpital działają następujące komórki organizacyjne:

1. Dział Farmacji.

2. Izba Przyjęć,

3. Oddział Detoksykacji Alkoholowy,

4. Oddział Ogólnopsychiatryczny II,

5. Oddział Ogólnopsychiatryczny III,

W ramach jednostki organizacyjnej Wojewódzki Ośrodek Terapii Uzależnienia od Alkoholu i Współuzależnienia z siedzibą
w Giżycku działają następujące komórki organizacyjne:

1. Oddział Terapii Uzależnienia od Alkoholu i Współuzależnienia,

2. Poradnia Terapii Uzależnienia od Alkoholu i Współuzależnienia.

W ramach jednostki organizacyjnej Zakład Opieki Pozaszpitalnej z siedzibą w Rudziszkach działa komórka organizacyjna
Zakład Opiekuńczo-Lecznicy Psychiatryczny z siedzibą w Rudziszkach.

W ramach jednostki organizacyjnej Ambulatoryjna Opieka Specjalistyczna działają następujące komórki organizacyjne:

1. Poradnia Zdrowia Psychicznego – Węgorzewo,

2. Poradnia Zdrowia Psychicznego – Giżycko,

3. Poradnia Zdrowia Psychicznego – Pisz,

4. Oddział Dzienny Psychiatryczny (ogólny),

5. Poradnia Terapii Uzależnienia od Alkoholu i Współuzależnienia – Węgorzewo.